Ian Murray McKellen nació en Burnley, Inglaterra, aunque pasó la mayor parte de su infancia en la localidad de Wigan, cerca de Manchester. Sus cuatro primeros años de vida transcurrieron bajo la amenaza de los bombardeos nazis de la Segunda Guerra Mundial, que según sus propias declaraciones, tuvieron un fuerte impacto psicológico en él. Estudió en la Bolton School, en el área metropolitana de Manchester.
La familia McKellen profesaba una fuertemente arraigada fe cristiana, aunque no excesivamente puritana. Su madre (Margery Lois) falleció teniendo él 12 años y su padre(Denis Murray) se volvió a casar. Éste falleció cuando Ian contaba con 24 años, tras lo cual siguió manteniendo una buena relación con su madrastra, a la que confesó su homosexualidad. Según las palabras de McKellen, la viuda de su padre se mostró más contenta que disgustada, ya que sabía que Ian había dejado de mentir sobre su orientación sexual. Comenzó una relación con su primer compañero sentimental en 1964, con quien vivió en Londres hasta 1972, cuando la relación terminó. En 1978 conoció al hombre con el que tendría su segunda relación seria en el Festival de Edimburgo. Su nombre era Sean Mathias, también actor, y tuvieron una relación algo agitada. Sus discusiones parecían tener muchas veces su raíz en la, por alguna razón, menos aclamada carrera de Mathias, que achacaba su poco éxito a su relación con Ian McKellen; aun así, también reconocía que él había intentado ayudarle siempre. Esta relación duró 10 años.